温州医科大学管理系创建于2001年，是浙江省特色建设专业和温州市重点建设专业，具有公共管理一级学科硕士点和专业硕士（MPA）学位点。管理系共有公共事业管理、市场营销、劳动与社会保障3个专业，管理系旨在培养能在医疗卫生行业从事管理的卫生管理人才。现有专任教师25人，高级职称15人。拥有浙江省财政资助的文科综合实验中心，建立了包括国家卫生健康委员会、浙江省卫生健康委员会、浙江省30多所三级医院、世界500强医药企业等在内的80多个实习基地。

目前在校本科生规模700余人。大一学年结束，学习成绩前15%的公共管理类专业学生可申请转入临床医学、眼视光医学等医学专业。入学两年后，学生可申请前往台湾义守大学、瑞典林奈大学进行访学；也可申请前往美国安德鲁大学、日本北陆大学进行为期两年的专业学习，并授予两所学校的学位。每年都有学生通过保送与考试进入复旦大学、浙江大学、上海交通大学、华中科技大学、武汉大学、山东大学、中山大学等985高校（双一流大学）攻读硕士研究生，全省50多所三甲医院都有管理系专业的毕业生，每年70%以上的毕业生能录用进入医院、疾控中心、医药企业等政府部门、事业单位与跨国公司工作。